在三期登记系统上传所有App软著查询登记申请材料后，是否还需要提交纸质申请材料？

需提交纸质申请材料。申请人可预约后前往中国版权保护中心登记大软著电子版厅办理登记申请，或以邮寄的方式向中国版权保护中心作品著作权部提交登记申请。