是的，在将Java应用程序打包成exe文件时，通常需要包含Java运行时环境(JRE)。这是因为Java程序需要在Java虚拟机(JVM)上运行，JRE提供了JVM和Java核心类库，用于支持基本的Java程序执行。

首先让我们了解一下几个基本概念：

Java虚拟机（JVM）：运行Java程序所需的抽象计算机。它载入字节码文件（.class文件）并将其执行。

Java运行时环境（JRE）：包含了Java虚拟机、Java核心类库和一些其他文件，提供了运行Java程序所需的基本环境。

Java开发工具包（JDK）：包含了一套用于开发Java应用程序的工具、编译器、调试器等。JDK包含JRE。

打包Java应用程序为exe文件的主要原因之一是使程序能够在没有安装Java的计算机上运行。要实现这一点，通常有两种方法：

1. 静态捆绑JRE：通过将JRE与exe文件一起打包，使得Java程序可以在无需额外安装JRE的情况下运行。这样做的优点是便携性，因为用户不需要安装Java。然而，这会导致文件尺寸较大，因为JRE本身较大。

2. 使用系统中安装的JRE：在这种方法中，exe文件可以使用计算机上已经安装的JRE来运行Java程序。优点是文件尺寸较小，而且不需要将JRE捆绑到_exe文件中。然而，这要求用户在他们的计算机上安装Java。

打包Java应用程序为exe文件的一些工具如下：

1. Launch4j：一个跨平台的Java应用程序打包工具，允许将JAR文件与JRE捆绑在一起，生成exe文件。

2. JSmooth：一个简单易用的Java程序打包工具，如何将exe打包为安装程序可以将JAR文件打包为exe文件，并允许使用嵌入式或系统中安装的JRE。

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. exe4j：一个用于创建Windows上的Java应用程序exe文件的工具，允许将Java程序与JRE捆绑在一起。

总的来说，Java应用程序打包为exe文件时确实需要考虑到JRE的问题。两种常见方法都可以实现这一目标，选择静态捆绑JRE以jb9生成exe文件提高便携性，或者依赖系统中安装的JRE以减小文件尺寸。